chore: 根目录清理（第二轮）—— 移除过程文档、本机脚本、临时产物 (#3)

★ 上一轮清理被合并覆盖：GUI 分支含 DESKTOP-PET-NOTES.md /
SERVER-HANDOFF.md / GUI-PLAN.md，合并时取了我方版本，
但我方 main 已是 squash 产物 ⇒ 三个文件复活。
而我当时只核对了 benchmark.md 一个就宣布成功 —— 判断依据不足。

本轮逐个文件验证（不再抽样）。

删除（零代码引用）
  DESKTOP-PET-NOTES.md    外部产品（Coopanion）拆解笔记
  SERVER-HANDOFF.md       给服务端的待办清单，已过时
  napcat-design-dna.json  设计 DNA 数据
  tmp_jinabench.py        临时脚本
  tmp_benchmark/          临时跑分程序

归位（不是删）
  plan.md        → docs/zh/legacy-issues.md  （遗留问题清单，有价值）
  GUI-PLAN.md    → cmd/gui/GUI-PLAN.md      （含坐标换算/koffi 踩坑）
                   根目录那份与 cmd/gui/ 已有副本字节相同（285b84dd…），删前者
  deploy-plan.sh     → deploy/scripts/
  deploy-waiter.sh   → deploy/scripts/
  deploy-sdk-site.sh → deploy/scripts/

脱敏（deploy-plan.sh 与 deploy-sdk-site.sh 含本机路径）
  /home/newqqagent      → ${HA_DATA}
  /home/program/TrueAgent → ${REPO}
  /home/program         → ${HOME_DIR}

引用同步：27 处（docs/zh/deploy-runbook.md、toolcall-parallel-execution-plan.md、
scripts/capability-bench/PLAN.md、三个脚本自身的用法注释、ci.yml 注释）

根目录现状：仅 README.md / README_EN.md / LICENSE / Makefile /
go.mod / go.sum / .gitignore / .golangci.yml / .mailmap / .pi-lens.json

验证：go build ✅  三个 sh 的 bash -n ✅
     go test -short ./internal/... ./pkg/... ./cmd/... 全绿
     根目录文件清单逐个核对（10 项，全为门面/配置）

Co-authored-by: pi <pi@local>

.github/workflows/ci.yml

@@ -193,7 +193,7 @@ jobs:
           python-version: '3.12'
       - name: 校验站点配置可解析
         # 这里只做「配置与文档源没坏」的轻量校验，不做完整 mkdocs build
-        # （站点发布有独立流水线，见 deploy-sdk-site.sh）。
+        # （站点发布有独立流水线，见 deploy/scripts/deploy-sdk-site.sh）。
         run: |
           set -euo pipefail
           if [ -f mkdocs.yml ]; then